A város területe a természetföldrajzi tájbeosztás szerint két kistájcsoportba sorolható. A nyugati része és a Bódva völgye a Rudabánya-Szalonnai-hegységhez, a Szendrői-rögvidék pedig a Csereháthoz tartozik. A tájhatáron települt Szendrő mindenkori környezetgazdálkodása az itt található kistájak természeti erőforrásaira épül.
Szendrő forrásokban és vízfolyásokban gazdag. A helyiség vízrajzát a Bódva folyó határozza meg, mely két részre osztja a települést. A Bódva Szlovákiában, Szendrőtől 77 folyamkilométerre, a Gömör-Szepesi-érchegységben, az 1187 m magas Nagy-Csükerész (Oszadnik) alján, több forrásból ered. A Bódva a Perkupai-szoroson át érkezik a Szendrői medencébe, ahol több mellékpatak vizével bővül (Rakaca-, Verbéna-, Abodi-patak, Körméndi-árok, Lipóc-, Seres-és Szuhogyi-patak).
Szendrő klímája a Péczely-féle éghajlati körzetbeosztás szerint mérsékelten hűvös és mérsékelten száraz. A Bódva- völgye és a Cserehát hazánk legfelhősebb területei közé tartozik. A Szendrői-medencében télen gyakori a sűrű köd, míg a hegységkeret magasabb részei napsütésben részesülnek. Szendrő és környéke a régió erdőben egyik leggazdagabb területe.
Ásványkincsei közül a lignit-barnakőszén, valamint a vas és a mészkő lelőhelyeket szükséges megemlíteni. Természeti adottságait a tengerszint fölötti 200 méteres magasság, a folyó hordaléktalaja és a középhegység mészkőtalapzata együttesen határozzák meg.